Placówka duszpasterska w Podlipkach została utworzona z inicjatywy mieszkańców okolicznych wsi przy aprobacie dziekana krynkowskiego ks. Stanisława Mikulskiego, który 16 XI 1947 r. poświęcił drewniany kościółek, pokryty słomą, przerobiony ze stodoły. Pod kościół i plebanię oddała swoją ziemię Franciszka Radziewicz, mieszkanka Podlipek.
W 1951 r. zostały dobudowane dwie zakrystie, prezbiterium i ołtarz główny. Dnia 16 VII 1951 r. z polecenia arcybiskupa metropolity Romualda Jałbrzykowskiego rozbudowany kościół poświęcił ks. prałat Adam Abramowicz. Za pobytu ks. Mariana Malickiego pobudowano w 1958 r. drewnianą plebanię. Duże zasługi dla tego ośrodka duszpasterskiego i kościoła położył ks. Edward Sepko, który tu duszpasterzował w latach 1971-1978. Zanim utworzono parafię przez szereg lat funkcjonował w Podlipkach samodzielny wikariat z własnym cmentarzem grzebalnym.
Parafię erygował abp Stanisław Szymecki 20 V 1994 r. Wydzielono ją z parafii Krynki i Szudziałowo. Pierwszym proboszczem został ks. Jerzy Szyryngo.
Obecnie ks. proboszcz Bronisław Wonsowski razem ze swymi parafianami buduje nową plebanię, gdyż stara została zniszczona przez pożar.