Parafia w Choroszczy istniała już w 1459 r., kiedy wójt tykociński Piotr z Gumowa nadawał plebanowi choroskiemu uposażenie w ziemię. Poza tym jednak nie mamy żadnych informacji o początkowym okresie parafii. Dopiero w akcie darowizny Choroszczy bazylianom z Supraśla z 1510 r. mamy wzmiankę, że przekazuje im miasteczko wraz z kościołem.
W 1654 r. Mikołaj Stefan Pac, wojewoda trocki, założył w Choroszczy drewniany klasztor dla oo. dominikanów przy kościele zbudowanym przez jego rodziców. Kościół razem z miasteczkiem spłonął w 1638 r., a odbudowany uległ spaleniu po raz drugi w 1707 r.

W 1756 r. Jan Klemens Branicki zbudował murowany kościół i klasztor dla dominikanów. Władze carskie w 1832 r. zlikwidowały klasztor, a dominikanów wysiedliły do klasztoru w Różanymstoku. Parafia przeszła wówczas pod zarząd księży diecezjalnych.
W 1915 r. podczas działań wojennych kościół został mocno uszkodzony, lecz wkrótce świątynię odremontowano i powiększono przez dobudowanie dwóch bocznych naw. Z nieustalonych przyczyn kościół razem z wyposażeniem spłonął w 1938 r., a w czasie działań wojennych w roku 1941 pociski artyleryjskie zniszczyły dach i wieżę. Cofające się wojska niemieckie w 1944 r. wysadziły wieżę, która zniszczyła sklepienie. W latach 1945-47 kościół odbudowano.
W latach 1966-1975, dzięki staraniom ks. proboszcza Stefana Stajka, kościół został gruntownie odremontowany wewnątrz i na zewnątrz. Odtworzono polichromię według projektu prof. Wiktora Zina. Kolejną restaurację świątyni rozpoczął ks. prob. Leon Grygorczyk. Za jego też czasów zbudowano nową plebanię, stara bowiem została zniszczona przez pożar. Obecny proboszcz ks. Leszek Struk kontynuuje prace restauracyjne.

Informacje pochodzą ze strony internetowej Archidiecezji Białostockiej. 

Zapraszamy do obejrzenia panoramy 360 Kościoła p.w. św. Jana Chrzciciela i św. Szczepana Męczennika.

W skład zespołu klasztornego dominikanów wchodzą:

• Kościół p.w. ss. Jana Chrzciciela i Szczepana, 1753-56, 1920, po 1945 wpisany do rejestru zabytków pod nr : 39 (45) z 22.03.1956
•  dawny klasztor, 1763, XX,  wpisany do rejestru zabytków pod nr .: 40 (46) z 22.03.1956
• kaplica, 1756-59, wpisany do rejestru zabytków pod nr : 209 z 20.10.1966