Muzeum Ziemi Sejneńskiej znajduje się przy ulicy Piłsudskiego 28, na piętrze w jednej z zabytkowych, klasycystycznych kamienic z 1845 roku - potocznie nazywanej Pałacem Biskupim, gdyż mieszkali w niej sejneńscy biskupi.  Muzeum powstało 2 maja 2005 roku z inicjatywy Sejneńskiego Towarzystwa Opieki nad Zabytkami, które ma tutaj swoją siedzibę oraz lokalnego samorządu. Organizacja ta zaangażowała się również w renowację klasztoru.

Stała ekspozycja Muzeum dzieli się na 6 sal tematycznych: sala dominikanów i biskupów sejneńskich, sala archeologiczna, sala tradycji wojska polskiego i czynu niepodległościowego, sala numizmatyczna, sala sejneńskich szkół i sala wielokulturowości regionu. Muzealia pochodzą od osób prywatnych, Muzeum Okręgowego w Suwałkach oraz Parafii Rzymsko-Katolickiej w Sejnach.

Dawny pałac biskupi, ob. Muzeum Ziemi Sejneńskiej, ul. Piłsudskiego 28, 1841 wpisano do rejestru zabytków pod nr: 377 z 17.03.1983